Rượu được Hồ men  từ 34 vị thuốc Bắc và 2 vị thuốc Nam, là những vị thuốc có tính nhiệt, nóng và thơm, gồm: trần bì, quế khâu, đinh hương, tất phát, đại hồi, sa nhân, tiểu hồi, lương cương, càng cương, bạch khấu, ngọc khấu, mai hoàng, hậu phát, thảo quả, quế chi, trạch lan, xích thước, hồng hoa, linh cừ, mật nang, tạo giác, cam thảo, son tàu, cam thảo nam, thiên niên kiện, cát cánh, bồ kết, hương truật, nhãn lòng, trầu lương, rau răm, lá nhãn, ngũ vị, tai vị, tiêu sọ, mần tưới”. Thời gian gần đây, các vị cao niên còn nghiên cứu và cho thêm vào hồ men 2 loại thuốc Nam là riềng và ớt nhằm tăng thêm hương vị riêng cho rượu Phú Lễ. 38 vị thuốc này được tán nhuyễn thành bột, trộn với bột gạo lứt rồi nhồi chung với cám, vo thành viên tạo thành hồ men.

Khi cơm đã được trộn đều hồ men, người thợ cho vào tĩn sành hoặc thùng nhựa đểủ nơi thoáng mát, hơi râm tối.

Nhiều người cho rằng, rượu Phú Lễ có hương vị đặc biệt là do rượu được nấu bằng loại nếp dẻo cộng với chất hồ men được chế biến theo những liều lượng thích hợp và phương pháp nấu rượu theo quy trình truyền thống từ xưa đến nay. Chính rượu Phú Lễ được nấu từ những nguyên vật liệu đặc trưng của địa phương đã làm cho những giọt rượu càng thơm ngon mang hương vị đặc biệt của vùng đất và con người phương Nam.